尖锐湿疣治疗后的复发率是较高的，有的甚至高达40％左右。那么，为什么容易复发呢？其原因是：（1）对于病人来说，感染HPV可能者有3种不同的状态，即肉眼可见向外生长的疣组织；肉眼不能见到的，只能在显微镜下才能见到有病变的亚临床感染；尚未出现病变，但组织表面携带的病毒，只能用分子杂交技术如多聚酶链反应法才能测出病毒，临床治疗时，医生只能先除掉肉眼能看见的那部分疣组织；对于后两种无法去除的，而肉眼能见的疣体仅是HPV感染中的小部分。其它HPV感染状态在治疗后的一段时间里发展成肉眼能见的疣组织。（2）尖锐湿疣的病变过程主要发生在上皮组织内，病毒也只限于上皮组织层内，人体皮肤粘膜的免疫系统存在于上皮下的真皮层内，由于上皮组织的基底层的阻隔，真皮内免疫系统不能与表皮内HPV病毒颗粒接触而建立有效的免疫应答反应，因而使得不少尖锐湿疣外治不愈。这种情况也见于青年人面部的扁平疣及手上的寻常疣。（3）再感染。夫妻一方治愈了，而另一方是亚临床感染或病毒携带者，通过性生活又可被传染上，医学上叫做“打乒乓球”状态，导致反复感染。（4）某些治疗方法不可靠，药物效果不完美，医务人员操作不熟练或经验不足会导致治疗不彻底，产生复发。（5）少数病人拼死吃河豚，生活不检点，性关系较混乱，导致反复感染。
那么，如何预防或减少尖锐湿疣的复发呢？（1）尽量要与配偶或有关伴侣一起检查和治疗；（2）采用联合治疗的方法，如激光治疗后，继以药物治疗，或冷冻治疗后，继以干扰素治疗；（3）少数在治疗的3至6个月内复发，是在情理之后，可再治疗一次，一般都能治愈的。