而在传统疗法中，没有什么方法可以有效避免造成尖锐湿疣的主要病因－人体乳突病毒HPV－的感染与复制，或者预防恶性疾病的进展。同时由於尖锐湿疣周围的皮肤往往也有无症状的感染，所以如何针对病毒本身，而不是仅仅清除生殖器疣病灶的治疗，是一项重要的课题。

现今治疗方式如下：

1) 切除治疗
电灼手术
  电灼手术是以局部麻醉的方式和手术用的电烧刀烧除生殖器疣，术後局部以抗生素药膏每天涂抹，约两星期手术患部可痊愈。根据临床结果，采用电灼手术的复发率非常高，几乎达80%以上。而电灼手术有时因医师临床经验不够，而将海绵体烧坏，久久不能愈合，使患者苦不堪言。

手术剪除
  利用外科手术剪除也是常见的生殖器疣治疗方式，剪除是肛周和直肠内疣的有效治疗方法，复发率相对较低（一项研究的资料29%），操作方法也很安全，可以在门诊局麻下治疗。往往可以避免结痂和肛门狭窄。

冷冻治疗
  冷冻治疗对微小的孤立生殖器疣和肛门疣有效，这种技术包括对疣和附近小范围区域实行冷冻，待组织被破坏後再以手术刀切除疣。冷冻疗法所使用的药物是液态氮，其副作用包括疼痛和偶发溃疡。

激光烧除
  对於较深处的尖锐湿疣，如尿道内尖锐湿疣或子宫颈的尖锐湿疣，藉由二氧化碳激光蒸发烧除生殖器疣是较合适的治疗方式。激光烧除与其他方法相比的主要优点，是能控制组织破坏的范围和深度。激光治疗与阴道镜相结合，可用於治疗生殖器疣。但医生的操作技巧是治疗成功的关键。

  激光烧除手术的伤口愈合较电烧手术快。这种方法治疗时病人往往需要全身麻醉，副作用包括疤痕和疼痛。二氧化碳激光治疗的费用也相当高。

2) 局部治疗
  除了以切除治疗的方式清除明显的生殖器疣病徵外，针对范围较大、或是较小的生殖器疣也有采取以叁氯乙酸（TCA）化学烧灼剂，或鬼臼毒素或氟尿嘧啶等含抗癌成份的药膏进行治疗。

  使用这类药物要非常小心，因有烧灼及腐蚀的功能，若碰到正常的组织，则会有疼痛感，严重会整片组织红肿溃烂，要好几个星期才会改善。有些病患可能求好心切，自行增加涂抹剂量及次数，结果导致严重的後果。因有这些副作用，所以在一般门诊使用时，医师及患者皆要非常小心。

  鬼臼毒素广泛用於治疗外生殖器疣已经有多年历史，这种药物的使用也有一些令人担心的问题。局部反应有时很严重，大范围涂抹则有全身毒性，极少数情况下可能导致死亡。

  外用氟尿嘧啶已普遍用於治疗生殖器疣，特别是尿道内病变，用氟尿嘧啶治疗的效果非常好。氟尿嘧啶还用於治疗阴道内生殖器疣，用这种药物会引起快速增生组织的坏死和脱落，由於其无法忍受的疼痛而限制了它的应用。因氟尿嘧啶是一种抗代谢药，通过上皮表面吸收，所以禁用於孕妇。

3) 去跟疗法
  这是一种非切除式以及非组织破坏型的治疗，适用於治疗男性和女性病人的内,外生殖器和肛周疣。

  此疗法的作用机制：选用天然药物为原料，采用了超临界萃取和油包水制剂工艺，使天然药物中的有效成分油酸、亚油酸与水溶性的毒性和腐蚀性成分得到彻底分离，同时使油酸和亚油酸得到高度浓缩。
实验证明：去跟中的不饱和脂肪酸（特别是油酸和亚油酸）可强烈抑制疣体细胞对氧的摄取，致使细胞死亡 同时脂肪酸还具有表面活性作用，与疣体细胞有较好的亲和力，可使细胞的-SH基含量下降，细胞膜变薄，从而增加对药物的渗透性，提高药物在细胞内的浓度，产生杀灭疣体细胞的效果。

  此疗法与传统疗法最大的差异与优点，就在於此疗法为温和渐进式的治疗方法，常见於组织坏死性疗法常见的高复发率，再患者采用去跟治疗时，且可以杀灭皮下残留病毒，并可以由诱发人体自身免疫系统抵抗HPV病毒，来达到治疗的效果并大幅降低复发率。

  尤其是患者可在家依照医生指示自行涂抹，免除了组织坏死性疗法所造成的疼痛、以及无法兼顾病患隐私的困扰。再者去跟可以局部施药，对於大范围的患部而言尤其适合。

  其价格适中，但治疗期需2个疗程是主要缺点。

4) 干扰素Intron-A注射治疗
  干扰素（IFN）能刺激免疫系统，在"去跟"问世以前，是抗病毒治疗的唯一方法。干扰素是一类具有抗病毒、抗增生和免疫调节作用的糖蛋白，可以治疗HPV感染，用药方式包括病变部位内注射、和全身皮下注射。

  IFN全身用药有较多副作用，包括：疲劳、发热、肌肉痛、头痛、以及血液系统和肝功能试验的异常。向疣根部注射干扰素（IFN）时有局部疼痛。有些病人（约30%）注射后可能有流行性感冒样症状，病变部位内用IFN也需要一周3次的门诊治疗，因此总体的治疗费用也较高。干扰素治疗清除外生性疣的效果目前还很有限。

菜花疗法比较表

＊ ○：是 ：否